เดิมตำบลอีเซได้ขึ้นอยู่กับตำบลเสียวและต่อมาเมื่อได้ตั้งกิ่งอำเภอโพธิ์ศรีสุวรรณจึงได้แยกตั้งตำบลขึ้นใหม่ชื่อตำบลอีเซ เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๓๕ บริเวณพื้นที่ตั้งบ้านเรือนของชุมชนตำบลอีเซนี้ เดิมเคยเป็นพื้นที่ทำการเกษตรกรรมคนบ้านเสียว และบ้านผักแว่นมาก่อน ย้อนไปเมื่อปีราว พ.ศ. ๒๔๑๐ มีชาวบ้านกลุ่มหนึ่ง นำโดย หลวงวิชา ชัยวิชา ได้นำลูกน้องจำนวนหนึ่ง ประกอบด้วย หลวงพาด, ขุนโอด, ขุนเดช, พ่อเฒ่ากูดภาษี, เฒ่าขุนบุรี เศรษศรี, เฒ่าพ่อใหญ่จ่าซาชัยวิชา, เฒ่าขุนสำแดง ทองสำแดง, เฒ่ายกบัตรเศรษศรี, ทั้งหมดได้พากันอพยพย้ายถิ่นฐานมาตั้งหมู่บ้านแห่งใหม่อยู่ทิศเหนือของหนองน้ำ ซึ่งมีชื่อเรียกกันว่า หนองผือ โดยเห็นว่า ณ บริเวณหนองผือนี้มีความอุดมสมบูรณ์ดี เพราะพื้นที่มีลักษณะเป็นที่ราบลุ่มและลาดต่ำลงไปถึงแม่น้ำห้วยทับทันได้ จึงน่าจะเหมาะสำหรับเลือกพื้นที่ของชุมชน
สิ่งที่ได้ค้นพบสำคัญประการหนึ่ง พบว่าการเลือกพื้นที่เพื่อตั้งชุมชนของคนท้องถิ่นจะไม่ค่อยบุกรุกพื้นที่ป่าเพื่อสร้างหมู่บ้านแต่จะเลือกพื้นที่สร้างหมู่บ้านอยู่ต่ำกว่าระดับพื้นที่ป่าการเลือกพื้นที่ทำการเกษตรบรรพบุรุษของบ้านอีเซเลือกพื้นที่ราบต่ำลงจากระดับพื้นที่ตั้งของหมู่บ้าน สำหรับการเกษตร ถัดจากพื้นที่ทำการเกษตรจะเป็นพื้นที่โนนสูงจากพื้นที่นาชาวบ้านเล็กน้อย ชาวบ้านได้เรียกพื้นที่ลักษณะเช่นนี้ว่า โนน โคก หรือโสก หรือคนตำบลอีเซ เรียกชื่อว่าตรงนี้ว่า โสกกระแด้ง แปลว่า พื้นที่โคกที่มีความแห้งแล้ง ซึ่งมีพื้นที่กว้างประมาณ ๕๐๐ ไร่ ลัดต่ำลงจากพื้นที่โสก จะมีลักษณะพื้นที่ราบลุ่ม เรียกว่า ป่าทาม ซึ่งเป็นแหล่งเพาะพันธุ์ปลาและสัตว์น้ำอื่นๆ และพื้นที่สำหรับเลี้ยงสัตว์ หาอาหาร เช่น หน่อไม้ ผักป่า ยาสมุนไพรตลอดทั้งผลไม้ป่าอื่นๆ ถัดจากพื้นที่ป่าทามจะเป็นสายน้ำห้วยทับทันซึ่งเป็นแหล่งทรัพยากรที่สำคัญของคนอีเซ ณ จุดบริเวณห้วยทับทัน จะมีท่าน้ำที่เรียกกันว่าท่าช้าง ซึ่งจากการสอบถามชุมชนทราบว่า ท่าช้างเป็นท่าน้ำข้ามลำห้วยทับทัน ที่ชาวกูยเลี้ยงช้างในแถบ อำเภอท่าตูม จังหวัดสุรินทร์ ได้นำช้างลงข้ามไปมาระหว่างจังหวัดสุรินทร์และศรีสะเกษ พื้นดินด้านล่างเป็นหินทรายที่หนาแน่น เมื่อช้างเดินลุยน้ำข้ามห้วยในบริเวณนี้จึงข้ามได้ง่ายโดยไม่ติดหล่ม จึงได้เรียกท่าแห่งนี้ว่า ท่าช้าง
สำหรับชื่อบ้านอีเซ เดิมมีชื่อเรียกตามลักษณะของพื้นที่ ที่ชาวตำบลอีเซมาตั้งรกราก ถิ่นฐาน เช่น หนองแวง โคกสว่าง โคกเกี้ยว โคกแก่งหินบ้าน บ้านช้างเซ กระทั่งท้ายสุดมาได้เป็นชื่อบ้านอีเซ ตามลักษณะอาการของช้างพังที่ป่วยเดินโซไปเซมา โดยคำว่า อี เป็นคำในภาษากูย แปลว่า ป่วย ส่วนคำว่า เซ มาจากอาการของช้างที่เดินโซเซตำบลอีเซเป็นตำบลขนาดกลางที่มีพื้นที่ทั้งหมดประมาณ ๑๑,๖๐๐ไร่ หรือประมาณ ๑๗.๐๐ ตารางกิโลเมตร